Der Seeburger See ist mit 86,5 Hektar die größte natürliche Wasserfläche Südniedersachsens. Der See ist rund, mit einem Durchmeser von etwas über einem Kilometer. Der See selbst und große Teile der Uferzone stehen unter Naturschutz. Zusammen mit den angrenzenden Feuchtgebieten Seeanger und Lutteranger ist der Seeburger See ein wichtiges Brut- und Rastgebiet für zahlreiche Wasservogelarten.

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Der Seeburger See liegt nicht im Bereich einer Stadt – Göttingen und Duderstadt sind je etwa 15 Kilometer entfernt – dennoch dominiert menschliche Nutzung den Charakter des Sees und seiner Umgebung. Die gesamte Region ist geprägt von industrieller Landwirtschaft mit großen Acker- und Wiesenflächen. Praktisch jeder Quadratmeter wird intensiv genutzt, naturnahe Lebensräume wie Hecken, Raine und Wälder wurden in den letzten Jahrzehnten systematisch den landwirtschaftlichen Flächen einverleibt.

Die Aue fließt von West nach Ost durch den See, versorgt ihn dabei aber weniger mit Frischwasser, als mit Nährstoffen aus den umliegenden landwirtschaftlichen Flächen. Eine beschleunigte Verlandung ist die Folge.

Darüber hinaus ist der Seeburger See das wichtigste Freizeit- und Erholungsgebiet der Region. Am Westufer befinden sich ein Schwimmbad, Bootsverleih und ein großes Hotel und Restaurant. Die Orte Seeburg und Bernshausen liegen direkt am See und bieten zahlreiche Übernachtungsmöglichkeiten für Feriengäste, nicht zuletzt einen Campingplatz. Auf dem See tummeln sich Angler, ein Uferweg lockt vor allem am Wochenende Scharen von Spaziergängern und Radfahrern.

Trotz dieser intensiven Nutzung brüten in direkter Nachbarschaft des Menschen Lachmöwen, Haubentaucher, Bläßrallen und weitere Vogelarten.

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